De famille française, cévénole par sa mère, émigré très jeune aux Etats-Unis, Philippe Bordes a obtenu son Bachelor of Arts à l’université de Stanford en 1970, son Master of Arts au Courtauld Institute of Art en 1972, année de son retour en France, et son doctorat à l’université Paris IV-Sorbonne en 1983.

En 1981, alors qu’il est Assistant d’histoire de l’art à l’université Paul Valéry de Montpellier, chargé d'enseigner les 19e et 20e siècles, Philippe Bordes entreprend des travaux de recherche sur la collection d'Alfred Bruyas et sur l’œuvre d’Alexandre Cabanel. François Saint-Pierre, arrière-petit-neveu du peintre, lui donne accès à de nombreux documents inédits, dits « Archives Saint-Pierre », contenant quelque 120 lettres. Philippe Bordes réunit ainsi une importante documentation sur Cabanel : transcriptions et photocopies de la correspondance et de livres de comptes. Familier du musée Fabre depuis qu'il a rédigé son mémoire de maîtrise à Londres sur François-Xavier Fabre et par son activité à l'université Paul Valéry, il est commissaire scientifique de l’exposition « Courbet à Montpellier » qui en 1985 met en lumière les richesses de la collection Bruyas.

Philippe Bordes doit abandonner ses recherches sur Cabanel en octobre 1984 lorsqu’il est nommé premier directeur du musée de la Révolution française à Vizille, près de Grenoble, poste qu'il occupe jusqu'en 1996. Après avoir enseigné à l’université Paris X – Nanterre, il est depuis 2001 professeur d’histoire de l’art moderne à l’université Lyon 2. Après une année à l'étranger, il est nommé en 2007 directeur du département des études et de la recherche à l’Institut national d’histoire de l’art, à Paris. A l'automne 2010, il reprend son enseignement à Lyon, afin d'y développer des projets collectifs sur les arts de la Renaissance à Lyon et sur le genre du portrait.
En 2009, dans la perspective de l’exposition « Alexandre Cabanel 1823-1889. La tradition du beau » (2010), il verse au musée sa documentation réunit au début des années 1980.